Vedle těchto válečných hrůz postihovaly lidi i různé velké epidemie, většinou krátce nazývané „mor", které vyvolávaly mezi vyhladovělým a oslabeným obyvatelstvem obrovské ztráty. V Auerbachu tak mrtví často nemohli být řádně pohřbeni na hřbitově, protože tam prostě chybělo místo. Pozůstalí své zesnulé, například ve velkém morovém roce 1634, mnohdy zakopávali na zahradách a polích.

Strašná „Třicetiletá válka" byla sice tzv. „Vestfálským mírem" roku 1648 oficiálně ukončena, ale trvalo velmi dlouho, než se osady a jejich obyvatelé z jejích následků opět zotavili. V Auerbachu bylo zničeno přes polovinu domů a poslední spáleniště byla definitivně odstraněna teprve v 18. století.

Auerbach se znovu stává katolickým

Už roku 1621 přišel v doprovodu bavorských vojsk do Auerbachu jezuitský páter, který sloužil pro vojáky katolické bohoslužby.

Poněvadž vévoda Maxmilián I. Bavorský obdržel roku 1623 od císaře falckou kurfiřtskou hodnost a roku 1628 i Horní Falc, měl v rukou všechny prostředky, aby zde znovu zavedl katolickou víru. Tak nařídil dne 25. února 1625 dosadit v Auerbachu katolického městského faráře. Jmenoval se Ulrich Faulmüller a působil zde, dokud se snad roku 1634 nestal obětí moru. Auerbašským měšťanům a venkovanům okolních míst Maxmilián nařídil, aby se do 6 měsíců přihlásili ke katolické víře, nebo opustili zemi. Nejeden starousedlík tehdy musel s těžkým srdcem kvůli víře opustit svou vlast.

Auerbach se tak znovu stal katolickým. Dnes se k tomuto vyznání hlásí asi 90 % obyvatelstva. O věřící se v současnosti stará celkem pět duchovních ve třech farnostech Arcibiskupství bamberského. Teprve vysídlenci z vlasti přinesli po 2. světové válce nutnost postavit i pro evangelické křesťany kostel (1953/54) a založit vlastní farnost (1955).

„Válka o španělské dědictví"

Po několika desetiletích klidu a obnovy zasáhla „válka o španělské dědictví" (1701–1714) i auerbašský kraj. Dne 24. května roku 1703 se u Krottensee odehrála větší bitva mezi císařsko-franskými vojsky a bavorskou armádou. Mnozí padlí vojáci byli hozeni do tzv. „Windloch" Maxmiliánovy jeskyně, jedné z nejkrásnějších krápníkových jeskyní Německa. Auerbach sice byl ušetřen většího plenění nebo dokonce vypálení, musel však za to platit velmi vysoké válečné daně.

Sourozenci Asamovi v Michelfeldu

Smrtí opata Fridricha z Aufseß dne 3. března 1558 prakticky zaniklo náboženské živote v kdysi tak významném benediktinském klášteře Michelfeld, neboť nástupce nesměl být zvolen; kurfiřt Otheinrich (1556–1559) chtěl přece katolickou víru ze své země vypudit.

Teprve o 142 let později byl klášter Michelfeld znovu přiveden k životu. Druhý opat po době reformace, Wolfgang Rinswerger, přišel z benediktinského kláštera Tegernsee. Za jeho úřadování (1707–1721) byl dokončen klášterní kostel. Zbožný a učený opat si vzpomněl na sourozence Asamovy, kteří rovněž pocházeli z Tegernsee, a povolal je do Michelfeldu. Zde provedl Cosmas Damian mimo jiné nádherné stropní malby, zatímco jeho bratr Egid Quirin vytvořil štukatury a jejich sestra pomáhala při zlacení.