Bau einer Schule (1525), die bis 1863 als Volksschule diente, Hinwendung der Bürger zur Reformation (1532 verläßt der letzte katholische Pfarrer mit seinem Kaplan die Stadt), Einrichtung von Jahr- und Wochenmärkten (1533), Errichtung der Brotbank, Einrichtung des Salzkastens (1534), Berufung des ersten graduierten Apothekers (1534) und Arztes (1536) und andere administrative Verordnungen.

1537 übernimmt Kaspar Pflug die Herrschaft. Er hängt der lutherischen Lehre an. Der Rat hält sich neutral und versucht zwischen den Konfessionen zu vermitteln. Evangelische Pfarrer werden angestellt. Der Schmalkaldische Bund (protestantische Fürsten und Städte lehnen sich gegen den Kaiser auf) wählt Kaspar zum Heerführer. Nach dem Sieg des Kaisers (1547) muß er fliehen; seine Besitzungen werden eingezogen.

Die Stadt erwarb die Bergwerke und führte sie mit Erfolg weiter. Das Ende der Pflugherrschaft wurde durch die Erhebung Schlaggenwalds zur kaiserlich freien Bergstadt im Jahre 1547 besiegelt.

Die Stadt war in den Jahren davor erheblichen Belastungen ausgesetzt. Sie mußte 1537 eine Türkensteuer einführen, Kontributionen leisten und 1538 der Aushebung von 400 Mann für den Türkenkrieg zustimmen. Die Habsburger standen im Interesse des christlichen und universellen Kaisertums im Abwehrkampf gegen die moslemischen Türken.

Im Jahre 1543 hatte Kaspar Pflug eine für die Stadtentwicklung wichtige Bauordnung erlassen. Sie regelte nach einem verheerenden Hochwasser u.a. die Erschließung neuer Wohngebiete, Straßenführung, Abstand zum Flutbach usw.

Um den Abbau weiterer Erzlager zu ermöglichen, die Stollen wasserfrei zu halten und den Luftabzug zu verbessern, wurde von 1539–1550 ein Wasserabzugsstollen gebaut (Kaspar-Pflug-Erbstollen). Zur Abwehr türkischer Angriffe im Osten der Monarchie mußten 1566 wieder 400 Bürger und 700 Bergleute bewaffnet und besoldet werden. 1582–1584 erstes Auftreten der Pest.

Der Rat erließ Vorschriften zur Bekämpfung der Seuche und errichtete hinter der Kirche ein Pestlazarett. Die Seuche forderte sehr viele Todesopfer.

1583 erhielt das Rathaus seine endgültige Form.

Die rote Ruhr (Dysenterie) tritt 1592 auf; das Pestlazarett wird an den Flutbach unterhalb der Stadt verlegt.

1597 erwarb der Rat Stadt und Herrschaft Petschau.

Zum Gedenken an die Pestepidemie wurde um 1600 auf der Kirchstaffel eine Pestsäule errichtet. Sie stellte die Heilige Dreieinigkeit dar und war der Pietà des Michelangelo nachempfunden.

1607 neuerliches Auftreten der Pestseuche.

1616: Kaiser Matthias wollte die Stadt niederbrennen lassen, weil sie an der verbotenen (evangelischen) Lehre festhielt. Ein alter Bergmann erflehte vom Kaiser die Gnade, das Urteil nicht zu vollstrecken. Es ist anzumerken, daß seit dem Augsburger Religionsfrieden (1555) die Reichsstände die Religion ihrer Untertanen bestimmen durften (cuius regio, eius religio). Von 1618–1648 befanden sich große Teile Europas im Dreißigjährigen Krieg. Die ursprünglich religiösen Auseinandersetzungen wurden zunehmend von machtpolitischen Interessen überlagert. Die von den kriegführenden Parteien ausgestellten Schutzbriefe für die Stadt erwiesen sich nahezu als wertlos.

1619–1624: Die Stadt huldigte Friedrich von der Pfalz („Winterkönig") als Landesherrn. Das Verhalten des Rates veranlaßte den Kaiser, die Stadt zu besetzen, eine Kommission zur Untersuchung der Vorgänge einzusetzen und schließlich hart durchzugreifen. Die Stadt wurde wegen Hochverrats verurteilt. So wurden u.a. die Besitzungen in Petschau entschädigungslos eingezogen, viele Privilegien aufgehoben, große Geldsummen