Die Stadt schloß sich den günstig verlaufenden kriegerischen Entwicklungen der Protestanten an, warb 50 Söldner und stellte im Herbst 1619 nochmals 15 Mann ins Feld. Luthers Lehre hatte man zwar jubelnd aufgegriffen, aber bei der Durchführung (der Reformation) gab es bereits mancherlei Mißtöne. Viele flüchtige Adelige suchten in Schlaggenwald Asyl, ihr Aufenthalt war jedoch nicht erwünscht (1630/34).
General Illo+) drohte, Schlaggenwald „mit Feuer und Schwert zu zwingen", der Statthalter Fürst Liechtenstein sandte strenge Mahnung und Schutzbrief. Die Kaiserlichen aber kümmerten sich wenig um die zahlreichen Schutzbriefe. General Mansfeld rückte im Dezember 1620 mit Truppen der evangelischen Union, alles verwüstend, gegen Schlaggenwald vor. 1621 zog er in die Stadt ein, verlangte Kontribution (Kriegssteuer) und besetzte die Umgebung von Elbogen.
Kurz darauf erschienen kaiserliche Kommissäre in der Bergstadt, um festzustellen, wie sie sich gegen den „Winterkönig" Friedrich von der Pfalz verhalten und welche Unterstützung sie dem General Mansfeld gewährt hatte. Rat und Bürgerschaft wurden bestraft, Stadt und Herrschaft Petschau ohne jede Entschädigung enteignet, viele Privilegien eingezogen und eine große Geldsumme zur Zahlung vorgeschrieben. Die einst so reiche Bergstadt war nunmehr ausgeplündert. Das war der Anfang einer fortschreitenden Verarmung (1620).
Die Ausbeute an Zinn verschlechterte sich im gesamten Revier weiter und fiel während des 30jährigen Krieges „wegen kriegerischer Empörung und Unsicherheit", sinkenden Geldwertes und schlechter Zinnqualität auf einen Bruchteil (etwa 1/4) des früheren Umsatzes. Wirtschaft und Handel gingen seit den späten zwanziger Jahren empfindlich zurück.
1632, 1634–36 trafen polnische Hilfsvölker der kaiserlichen Truppen ein, zerstörten und ruinierten, was sich ihnen in den Weg stellte, gingen mit den Bürgern unmenschlich um und verließen einen öden und verwüsteten Ort.
1636/40 war die Stadt durch das Kriegswesen „aufs äußerste verderbt und die meisten Häuser ausgeplündert und leer".
Unerträglich waren die Qualen, welche die Bürgerschaft nach 1624 während der Gegenreformation auszustehen hatte.
+) Illow (sprich Illo), kaiserlicher Feldmarschall, starb meuchlings 1634 zusammen mit Wallenstein in Eger.
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