Ämtern unterstellt. Zu dieser Zeit begann die Ausbeute aus den Silbergruben nach und nach zu sinken. Eine weitere Verschlechterung der wirtschaftlichen und politischen Lage der Stadt ergab sich aus den Folgen des Schmalkaldischen Krieges (1546-1547), in welchem Joachimsthal, überwiegend protestantisch orientiert, mit der antihabsburgischen Seite sympathisiert hatte. Nach deren Niederlage kam es deshalb durch die Unterstellung unter die königliche Aufsicht zur weiteren Einschränkung der städtischen Selbstverwaltung. In dieser Atmosphäre wurden viele Gruben und Stollen stillgelegt. Die Jahreserträge um die Jahrhundertmitte gingen auf rund 3500 kg Silber zurück.

Die erste Hälfte des 16. Jahrhunderts war die Glanzperiode nicht nur des Joachimsthaler Bergbaus, sondern auch der bergmännischen Tätigkeit im gesamten böhmischen Erzgebirge. Die Erschließung der Lagerstätte Joachimsthal gab nämlich den Anstoß zu weiteren umfangreichen Ortsgründungen und einer damit verbundenen schnellen Besiedlung. Zwischen 1520 und 1534 wurden im Westteil des Erzgebirges folgende neue Bergstädte gegründet: Měděnec (Kupferberg), Oloví (Bleistadt), Loučná (Wiesenthal), Hora Svaté Kateřiny (St. Katarinenberg), Abertamy (Abertham), Vejprty (Weipert) und Pernink (Bärringen). Zwischen 1553 und 1570 kamen dazu noch die Bergstädte Přebuz (Frübuss), Hora Svatého Šebestiána (St. Sebastiansberg), Výsluní (Sonnenberg) und Místo (Platz). Im Verlaufe dieser Gründungsperiode entstanden auch zahlreiche weitere Bergorte, von denen einige, wie z. B. Hřebečná (Hengstererben), aufgrund ihrer Einwohnerzahl und wirtschaftlichen Bedeutung, Bergstädten gleichkamen. Zwischen 1434 und 1600 waren in Böhmen 120 Städte gegründet worden, 15 Prozent davon waren erzgebirgische Bergstädte.

Mit den Erfolgen des Bergbaus im Böhmischen Erzgebirge setzte auch in anderen Regionen Böhmens eine Welle des Aufschwungs ein. Intensiv wurde besonders im Iser- und Riesengebirge, im Böhmerwald und auf der Böhmisch-Mährischen Hochebene gearbeitet. Während des 16. Jahrhunderts wurden im Königreich Böhmen Silber- und Buntmetallerze in 140 Grubenrevieren gefördert. In den meisten davon kam es zu wesentlicher Intensivierung der Grubenarbeiten. Vor allem erhöhte sich die Nachfrage nach Blei, das die unentbehrliche Ingredienz zur Silber- und Kupferextraktion aus den polymetallischen Erzen wurde. Zu den Hauptabnehmern gehörten vor allem die Joachimsthaler Hütten, welche vorher vom Import englischen Bleis abhängig waren, dann das Kuttenberger Revier, das aus Goslar, Tarnowitz und Bytom versorgt wurde, und das Revier Rudolfov (Rudolfstadt), welches von Bleiberg in Kärnten beliefert wurde. Infolge der Nachfrage wurde die Bleiförderung Stříbro (Mies) im Böhmerwald ausgebaut, vor allem im Erzgebirge in Oloví (Bleistadt), die zu den Hauptversorgern der böhmischen Silberhütten geworden waren. In beiden Gebirgen wurde auch Kupfererz gewonnen, hauptsächlich in den erzgebirgischen